南麂列岛国家级海洋自然保护区是我国首批五个国家级海洋类型自然保护区之一，因其丰富的生物资源，被誉为“海上基因库”。多年来，保护区坚持“三个始终”，岛上居民转产转业不断加快，生态环境持续改善，生物多样性保护成效明显。

一、始终坚持“保护为主，适度开发，开发服从保护”基本原则。一是严管生产活动。对项目建设，一律要求制定保护与恢复治理方案，对未达到方案要求的建设单位，依法处罚并暂停审批其在岛上新建的其他项目环评。对渔业生产，一律要求编制养殖专项规划，控制养殖规模。二是审慎开发生态旅游。严控上岛游客数（1800人/天以内），确保不超过南麂岛环境承载力。科学研究、教学实习等活动也须经管理局审核方能实施。三是合理发展生态产业。引导岛民转产转业，鼓励传统渔民向养殖户、餐饮经营户转变，减少捕捞行为，发展渔家文化。常住人口从2300余人减少至目前不足1000人，捞渔船保有量从高峰时的180艘降到40艘，生态养殖品牌“南麂大黄鱼”成功入选杭州G20峰会。

二、始终坚持把海陆高压监管作为一把利剑。一是构建全域监管网络。建设了全覆盖雷达视频监控系统，对重要保护对象、重要区域和海上渔船实时监控，监测显示，核心区贝藻类种类数与90年代初相比总量和密度有所增加，水仙花从80年代末发现时的10多亩增加到目前的30多亩，海洋性鸟类种群和数量保持稳定，海域水质春夏两季均达一类标准。二是实施群防群护。吸纳各村骨干和海上作业经验丰富的岛民组建海上义务监察管理大队，配合海监支队开展陆海巡查。三是高密度联合执法。持续开展“碧海”、“海盾”、“护岛”等行动，并以环保督察、“绿盾”行动为契机，有效解决了柳成山庄、环岛公路、交通码头等历史遗留问题，推动建成了岛上厨余垃圾资源化处理中心，其余垃圾实施生态化外运，有效完善南麂岛环境管理体系。

三、始终坚持把生物多样性保护作为基础支撑。一是强化科研探索。南麂岛博士后科研工作站和院士专家工作站建成后，与中外院校广泛合作，在“蓝色碳汇”、岛屿陆地生态系统、海藻场、底栖藻类等领域取得丰硕成果，并建立数据库，定期分析保护区潮间带、海鸟及海洋环境监测数据。近年来，先后发现了7个藻类世界新种，4个硅藻新种，5个中国新记录属，24个新记录种。二是强化生态修复。人工礁石投放、裸露山体绿化补植、鱼苗放养等措施陆续展开，等边浅蛤保护、铜藻场重建、火焜岙海洋牧场、大型海藻场以及岛体整治修复等项目陆续上马，马祖岙核心区原有海洋生态系统逐渐恢复，大沙岙核心区完成整体覆绿。三是强化宣教示范。保护区相继成为“温州市青少年海洋科普教育基地”“浙江省科普教育基地”等，成为温州生物多样性宣传的窗口。